Shopifyでは、Shopifyペイメントとイプシロンのような
外部決済代行のクレジットカード決済を無効化にすると、 
クレジットカード決済の返金や金額変更等の処理が行えなくなる仕様のようです。

お手数ですが、有効化していただきますようお願いします。